Каменная церковь во имя Рождества Христова была заложена в 1795 году, достроена и освящена в 1810-м. Она располагалась на Юрточной горе, рядом с мужским монастырём, на том месте, где, начиная с 1-й трети XVII века, стояли её деревянные предшественницы – Никольский и Христорождественский храмы. Эта территория входила в состав первого Томского женского монастыря (1671–1776).
Каменная колокольня построена в 1856–1857 годах купцом Г.И. Елисеевым. Тогда же было решено вместо обветшавшей и тесной церкви строить новую, что и было сделано в 1900 году.